COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 3.461461 3.461461 3.758855
2021-06-10 17:00:00 3.650891 3.650891 3.882034
2021-06-09 17:00:00 3.573460 3.573460 3.945807
2021-06-08 17:00:00 3.139645 3.139645 3.988456
2021-06-07 17:00:00 4.763508 4.763508 4.119956
2021-06-06 17:00:00 4.113552 4.113552 4.232781
2021-06-05 17:00:00 3.610440 3.610440 4.328197

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 2.994652 2.994652 3.299129
2021-06-10 17:00:00 3.470320 3.470320 3.352809
2021-06-09 17:00:00 5.020921 5.020921 3.516584
2021-06-08 17:00:00 2.465483 2.465483 3.531910
2021-06-07 17:00:00 4.318937 1.256039 3.479217
2021-06-06 17:00:00 3.693182 3.693182 3.572135
2021-06-05 17:00:00 3.615448 3.615448 3.676266

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 15.805471 10.030395 10.176093
2021-06-10 17:00:00 9.326425 10.942249 9.642941
2021-06-09 17:00:00 8.933718 8.933718 9.598398
2021-06-08 17:00:00 10.670732 10.670732 9.360727
2021-06-07 17:00:00 1.851852 9.239940 8.913685
2021-06-06 17:00:00 15.422886 9.422492 8.695971
2021-06-05 17:00:00 9.011628 9.011628 8.603405

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 5.747126 5.747126 4.560421
2021-06-10 17:00:00 3.945372 3.945372 4.757072
2021-06-09 17:00:00 4.759916 4.759916 4.852170
2021-06-08 17:00:00 2.476654 2.476654 4.899625
2021-06-07 17:00:00 3.142627 3.142627 4.962549
2021-06-06 17:00:00 7.239819 7.239819 5.114820
2021-06-05 17:00:00 3.282937 3.282937 5.238274

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 3.236825 3.236825 3.337717
2021-06-10 17:00:00 3.219347 3.219347 3.426171
2021-06-09 17:00:00 3.147967 3.147967 3.563952
2021-06-08 17:00:00 3.191760 3.191760 3.707226
2021-06-07 17:00:00 8.416548 2.685276 3.798551
2021-06-06 17:00:00 3.811090 3.811090 3.950298
2021-06-05 17:00:00 3.502567 3.502567 4.048848

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 9.229748 9.229748 8.307272
2021-06-10 17:00:00 8.006626 8.006626 8.588718
2021-06-09 17:00:00 5.176584 7.135946 8.476786
2021-06-08 17:00:00 5.813271 8.514386 8.352245
2021-06-07 17:00:00 17.032967 8.852085 8.597789
2021-06-06 17:00:00 8.717689 8.717689 8.747940
2021-06-05 17:00:00 7.448583 7.448583 8.976584

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 2.035398 2.035398 2.468442
2021-06-10 17:00:00 3.984820 3.984820 2.304038
2021-06-09 17:00:00 1.855976 1.855976 2.249169
2021-06-08 17:00:00 3.722084 3.722084 2.150808
2021-06-07 17:00:00 2.183406 2.183406 2.013351
2021-06-06 17:00:00 1.189387 1.189387 1.975516
2021-06-05 17:00:00 3.231764 2.181070 1.929632

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 4.483948 4.483948 3.529431
2021-06-10 17:00:00 4.864594 4.864594 3.482597
2021-06-09 17:00:00 4.272076 4.272076 3.357499
2021-06-08 17:00:00 1.804492 2.531481 3.214430
2021-06-07 17:00:00 6.256901 6.256901 3.240875
2021-06-06 17:00:00 2.852595 2.852595 3.247005
2021-06-05 17:00:00 2.530120 2.530120 3.258986

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 0.805802 0.805802 1.443271
2021-06-10 17:00:00 1.995723 1.995723 1.496000
2021-06-09 17:00:00 1.228501 1.228501 1.593875
2021-06-08 17:00:00 1.565996 1.565996 1.612327
2021-06-07 17:00:00 0.863132 0.501972 1.724564
2021-06-06 17:00:00 3.076923 3.076923 1.823298
2021-06-05 17:00:00 1.582932 1.582932 1.999652

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 2.093348 2.093348 2.487564
2021-06-10 17:00:00 2.950792 2.950792 2.493070
2021-06-09 17:00:00 2.318048 2.318048 2.587327
2021-06-08 17:00:00 2.449495 2.449495 2.675151
2021-06-07 17:00:00 2.090079 1.171859 2.649719
2021-06-06 17:00:00 3.044953 3.044953 2.723564
2021-06-05 17:00:00 3.294047 3.294047 2.828983

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 3.420843 3.420843 4.138179
2021-06-10 17:00:00 3.365033 3.365033 4.076274
2021-06-09 17:00:00 5.338542 5.338542 4.332818
2021-06-08 17:00:00 2.685110 2.685110 4.372527
2021-06-07 17:00:00 -2.010050 1.609010 4.545526
2021-06-06 17:00:00 2.748259 5.966587 4.674779
2021-06-05 17:00:00 6.068111 6.068111 4.809138

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 0.247525 0.247525 0.788097
2021-06-10 17:00:00 1.188119 0.594059 0.825202
2021-06-09 17:00:00 0.635593 0.635593 0.858162
2021-06-08 17:00:00 1.910828 1.910828 0.898419
2021-06-07 17:00:00 1.382488 1.382488 0.904573
2021-06-06 17:00:00 1.030928 1.030928 0.949365
2021-06-05 17:00:00 0.714286 0.714286 0.951857

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 2.202643 2.202643 4.170730
2021-06-10 17:00:00 4.810997 4.810997 4.360676
2021-06-09 17:00:00 3.881701 3.881701 4.427232
2021-06-08 17:00:00 4.229607 4.229607 4.303561
2021-06-07 17:00:00 1.762115 1.762115 4.294451
2021-06-06 17:00:00 7.894737 7.894737 4.452323
2021-06-05 17:00:00 4.970760 4.970760 4.502510

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 3.498542 3.498542 2.777866
2021-06-10 17:00:00 2.089552 2.089552 2.849788
2021-06-09 17:00:00 4.214559 4.214559 2.863188
2021-06-08 17:00:00 3.281250 3.281250 2.954224
2021-06-07 17:00:00 2.395210 0.602864 2.908375
2021-06-06 17:00:00 2.454992 2.454992 2.974386
2021-06-05 17:00:00 2.805611 2.805611 3.021611

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 2.552157 2.552157 2.860545
2021-06-10 17:00:00 2.990613 2.990613 2.998250
2021-06-09 17:00:00 3.010989 3.010989 3.089881
2021-06-08 17:00:00 2.252992 2.252992 3.204858
2021-06-07 17:00:00 3.898635 2.190341 3.323681
2021-06-06 17:00:00 4.237845 2.835165 3.513262
2021-06-05 17:00:00 3.850071 3.850071 3.591684

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 7.808143 7.808143 7.541266
2021-06-10 17:00:00 4.963680 4.963680 7.773176
2021-06-09 17:00:00 15.188834 15.188834 8.170614
2021-06-08 17:00:00 5.030030 5.030030 8.260327
2021-06-07 17:00:00 9.135400 9.135400 8.444767
2021-06-06 17:00:00 13.276027 13.276027 8.697985
2021-06-05 17:00:00 7.453704 7.453704 9.249357

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 1.024390 1.024390 1.269940
2021-06-10 17:00:00 0.698273 0.698273 1.391618
2021-06-09 17:00:00 1.436893 1.436893 1.500866
2021-06-08 17:00:00 0.876644 0.876644 1.594147
2021-06-07 17:00:00 0.674663 0.674663 1.687625
2021-06-06 17:00:00 2.371844 2.371844 1.812267
2021-06-05 17:00:00 1.680672 1.680672 1.869198

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 5.146089 5.146089 5.396087
2021-06-10 17:00:00 5.304445 5.304445 5.441130
2021-06-09 17:00:00 5.238173 5.238173 5.478886
2021-06-08 17:00:00 5.432855 5.432855 5.514880
2021-06-07 17:00:00 4.961832 5.244394 5.571333
2021-06-06 17:00:00 8.280638 8.280638 5.692757
2021-06-05 17:00:00 4.041451 4.041451 5.802887

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 2.511612 2.511612 2.652460
2021-06-10 17:00:00 2.843137 2.843137 2.684363
2021-06-09 17:00:00 2.219116 2.219116 2.697138
2021-06-08 17:00:00 1.839738 2.749914 2.722015
2021-06-07 17:00:00 6.065201 2.781399 2.719677
2021-06-06 17:00:00 3.271741 3.271741 2.792890
2021-06-05 17:00:00 2.558565 2.558565 2.827675

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 2.787456 2.787456 4.111561
2021-06-10 17:00:00 5.235602 5.235602 3.974642
2021-06-09 17:00:00 3.448276 3.448276 4.080283
2021-06-08 17:00:00 4.812030 4.812030 4.024914
2021-06-07 17:00:00 4.054054 1.046207 3.896130
2021-06-06 17:00:00 4.733728 4.733728 3.929393
2021-06-05 17:00:00 3.769841 6.625981 3.924083

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 2.797203 2.797203 3.741727
2021-06-10 17:00:00 6.666667 4.166667 3.754204
2021-06-09 17:00:00 3.278689 3.278689 3.921278
2021-06-08 17:00:00 5.442177 5.442177 4.067899
2021-06-07 17:00:00 9.677419 2.479339 4.481026
2021-06-06 17:00:00 4.098361 4.098361 4.993769
2021-06-05 17:00:00 3.246753 3.246753 5.240772

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-11 17:00:00 5.992218 5.992218 5.522735
2021-06-10 17:00:00 5.060380 5.060380 5.487958
2021-06-09 17:00:00 5.445117 5.445117 5.432231
2021-06-08 17:00:00 8.074534 8.074534 5.419100
2021-06-07 17:00:00 3.049759 3.049759 5.384445
2021-06-06 17:00:00 4.153686 4.153686 5.449363
2021-06-05 17:00:00 5.925251 5.925251 5.555311

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.994652 2.994652 3.299129
Basilicata 15.805471 10.030395 10.176093
Calabria 5.747126 5.747126 4.560421
Campania 3.236825 3.236825 3.337717
Emilia-Romagna 9.229748 9.229748 8.307272
Friuli Venezia Giulia 2.035398 2.035398 2.468442
Lazio 4.483948 4.483948 3.529431
Liguria 0.805802 0.805802 1.443271
Lombardia 2.093348 2.093348 2.487564
Marche 3.420843 3.420843 4.138179
Molise 0.247525 0.247525 0.788097
P.A. Bolzano 2.202643 2.202643 4.170730
P.A. Trento 3.498542 3.498542 2.777866
Piemonte 2.552157 2.552157 2.860545
Puglia 7.808143 7.808143 7.541266
Sardegna 1.024390 1.024390 1.269940
Sicilia 5.146089 5.146089 5.396087
Toscana 2.511612 2.511612 2.652460
Umbria 2.787456 2.787456 4.111561
Valle d'Aosta 2.797203 2.797203 3.741727
Veneto 5.992218 5.992218 5.522735

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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